Como Harry e seus amigos conheciam tantos lugares para se desapaparar?

Eles não sabiam onde estavam desaparecendo antes.

Tenha em mente esta citação, assim como a mencionada na pergunta.

Even without any new ideas, they continued to move through the countryside, pitching the tent in a different place each night for security. Every morning they made sure that they had removed all clues to their presence, then set off to find another lonely and secluded spot, traveling by Apparition to more woods, to the shadowy crevices of cliffs, to purple moors, gorse-covered mountainsides, and once a sheltered and pebbly cove.
_{(Deathly Hallows, Chapter 15, The Goblin's Revenge).}

Parece bastante claro para mim que eles estavam viajando para uma variedade aleatória de esconderijos rurais desconhecidos e obscuros. Eles não estavam batendo em lugares que eles conheciam bem de memória. Portanto, acho muito improvável que eles já tenham visitado cada local individualmente. Em vez disso, eles estavam escolhendo pedaços do campo ao acaso - de fato, o fato de que não havia nenhum padrão ou lógica em suas escolhas era uma parte fundamental de sua abordagem. Se não há nada para ligar esses locais (além do que eles apareceram na mente de Hermione), então é muito menos provável que o trio seja rastreado.

É claro que alguns dos locais já eram familiares. Hermione os leva para a Tottenham Court Road e a floresta que sediou a Copa Mundial de Quadribol. Um dos sites que ela escolhe é um lugar onde ela já esteve de férias.

“Where are we?” he asked, peering around at a fresh mass of trees as Hermione opened the beaded bag and began tugging out tent poles.
“The Forest of Dean,” she said. “I came camping here once with my mum and dad.”
_{(Deathly Hallows, Chapter 19, The Silver Doe).}

No entanto, penso que estes casos foram as exceções e não as regras. Existem simplesmente muitos locais para que todos estejam familiarizados.

No ponto mais amplo sobre se é possível aparatar algum lugar desconhecido, acho que um paralelo pode ser desenhado com criação de teclas a>. Você não precisa ter visitado um local para fazer uma chave de portal para esse local, uma vez que Barty Crouch Junior fez uma chave de portal que foi para Little Hangleton sem nunca ter estado lá antes.

“Step one: Fix your mind firmly upon the desired destination,” said Twycross. “In this case, the interior of your hoop...Step two,” said Twycross, “focus your determination to occupy the visualized space! Let your yearning to enter it flood from your mind to every particle of your body!”
_{(Half-Blood Prince, Chapter 18, Birthday Surprises).}

Como se destaca nos comentários de Walrus469 e Apostolis Kennedy, há muitos exemplos de pessoas aparatando em algum lugar onde nunca estiveram antes. Hermione e Harry aparatam com Godric's Hollow e até 100.000 bruxos aparatam na Copa Mundial de Quadribol. Bellatrix e Narcissa também aparatam para Spinner's End, apesar de deixar claro que nunca estiveram lá antes. Dado que aparatar em algum lugar desconhecido parece ser um fenômeno bastante normal eu sugiro que é isso que Harry, Ron e Hermione estavam fazendo em Relíquias da Morte .

Você não precisa estar em algum lugar para aparatar lá.

Pelo que eu sei, não há nada no cânon que indique que você deve ter visitado anteriormente seu destino pretendido para aparatar lá, e um número de incidentes que sugerem que você não o faça: por exemplo, em Câmara dos Segredos, Dobby usou a Aparatação para viajar para a casa de Harry Potter, apesar de nunca ter estado lá antes, e em Cálice de Fogo várias pessoas usaram Aparatação para viajar para a Copa Mundial de Quadribol , realizada em um estádio que foi construído expressamente para o evento, em um site que foi alugado de trouxas.