Se alguma coisa que realmente faz parte do microondas pegar fogo, é claro que você deve substituí-lo.
(Teoricamente, você pode consertá-lo com alguém experiente, mas consertar um micro-ondas não é econômico).
Continuar a usar equipamentos elétricos danificados é pedir um incêndio ou danificar seus sistemas elétricos.
Não existe um fogo 'one off' que você possa negligenciar.