Você está correto, as caixas de junção devem permanecer acessíveis. O NEC 314.29 proíbe encobrir caixas de tal forma que você precisa remover "parte do edifício" para acessar os fios dentro. O drywall é considerado "parte do edifício".
Você pode movê-los ou estendê-los para que as caixas fiquem niveladas com a parede de gesso quando terminar, para que você possa acessar a fiação removendo a tampa.
Com um teto suspenso, a abertura de uma telha de teto para acesso não é considerada uma parte "removível" do prédio, portanto você pode ter caixas de junção acima do teto suspenso.
314.29 Boxes, Conduit Bodies, and Handhole Enclosures to Be Accessible.
Boxes, conduit bodies, and handhole enclosures shall be installed so that the wiring contained in them can be rendered accessible without removing any part of the building or, in underground circuits, without excavating sidewalks, paving, earth, or other substance that is to be used to establish the finished grade