O lado negro do nada de Neal Shusterman, publicado em 1996 Há muitas semelhanças com o cenário que você está descrevendo. Pensei na história imediatamente, mas tive que encontrar o nome do livro e o autor antes de escrevê-lo como resposta.
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A nave de reconhecimento alienígena caiu, disfarçada de tornado. Entre isso e a radiação, eles mataram cerca de um quarto da cidade.
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Eles assumem a identidade de alguns dos que foram mortos, usando o DNA deles, e usaram a desculpa de uma epidemia para o resto.
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Seus filhos são igualmente escondidos muito jovens e criados sem conhecer sua história. Isso muda quando um dos adultos (que tinha seu satélite apontando para o lado errado ouvindo estrangeiros) ouve o sinal de que a frota está finalmente chegando, e ele trabalha para recrutar as crianças.
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As crianças (não os adultos) têm que tirar fotos mensais para continuarem parecendo humanas (porque seus corpos rejeitam o DNA alienígena à medida que crescem), ele falha quando as crianças passam pela puberdade e elas não serão capazes para substituir o disfarce porque o dna original é perdido.
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O personagem principal parecia exatamente com um homem morto, um JJ Bridges (tendo sido escondido com seu DNA), cuja mãe idosa é encontrada em um ponto, e reconhece a semelhança. Eu acho que ele poderia ter lutado no Vietnã, mas ele não morreu lá (ou eles não teriam seu DNA).
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O líder (e alguns outros) finalmente decide que a invasão não deve ter sucesso, que essa conquista está errada, que eles viveram e se tornaram mais humanos que alienígenas. Eles usam o trabalho para deter o plano dos adultos (que era sabotar a sociedade humana para que fossem fáceis de serem escolhidos) e alertar o governo sobre a frota vindoura. Os pais do líder também usam sabotagem, tendo chegado à mesma conclusão mais cedo, mas acreditando que as crianças não estavam ouvindo.