A resposta curta para a pergunta é "isso não acontece". No entanto, na sua pergunta, você está postulando que não há vírus nos computadores da Galactica.
Isso não é conhecido e há indícios de que talvez não seja o caso:
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na guerra Cylon anterior, os Cylons já haviam se infiltrado em sistemas militares e tomado navios. Comandante Adama diz algo como "minha nave nunca terá sistemas totalmente integrados, contanto que eu esteja no comando" em um dos primeiros episódios.
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Na guerra atual, espiões Cylon se infiltraram nos sistemas militares novamente. Adama sabe que: eles tinham relatos de Helo sobre os Vipers de Mark VII desativados pelos Raiders atacantes, e eles tinham Mark VII de Apollo a bordo de Galactica para realizar perícia. Então, eles estão cientes de que há vírus que podem não ter sido capazes de detectar.
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A Galactica seria transformada em um museu, por isso seus sistemas não foram atualizados, nem seu software. Assim, embora não tivesse os vírus mais recentes, eles não sabiam quando a intrusão aconteceu; poderia ter estado lá adormecido por anos. E eles não têm pessoas suficientes para verificar todo o código do sistema. A reinicialização do firmware original é possível, mas perigosa - o navio foi remendado muito e está sendo atacado com bastante frequência.
Então, em suma, Adama não pode confiar em todo o seu hardware. Portanto, ele quer manter as chances de piorar a situação ao mínimo.