Eu adoraria especular sobre a Seção 31 e seus nefastos negócios no Comando da Frota Estelar, mas acho que um episódio da TNG nos dá a resposta com bastante clareza.
Como afirmado anteriormente, Sisko disse Starfleet
had given the plan their blessing
Ou seja, ALGUÉM na SFC sabia de tudo o que Sisko tinha feito e muito do que Garak tinha feito e estava protegendo Sisko.
Esta não seria a primeira vez que um encobrimento desta natureza foi mencionado na tela.
De Pegasus
Pressman para Riker:
PRESSMAN: The Chief of Starfleet Security has personally assured me of her complete support.
Picard para Riker:
PICARD: The Judge Advocate also believes that the surviving officers are deliberately withholding vital information from this inquiry. Further investigation is recommended."
(to Riker) But there was no further investigation... the file was classified and quietly buried.
e
Picard: ...It seems the file was sealed by Starfleet Intelligence.
Portanto, sabemos que, em casos extremos, a Inteligência da Frota Estelar intervirá para encobrir ações que possam beneficiar a Federação, mas que sejam de legalidade questionável. Trazer os romulanos para a guerra certamente beneficia a Federação e os métodos de Sisko eram definitivamente questionáveis (na melhor das hipóteses) no sentido legal do termo.