Por que o Tie Fighter meteu Jyn quando ela estava na torre?

Não, não parece haver nenhuma indicação de quem ordenou

Esta é a única coisa que a novelização tem a dizer:

The shriek of a TIE fighter rose on the wind, but at first she ignored it. Then the vessel itself swept into view, descending toward the platform with its great cockpit eye fixed on her. She froze, unsure whether to run or to drop to the catwalk in the hope of hiding.

She ran, and the fighter’s cannons pulsed.

^{Rogue One: A Star Wars Story - Official Novelization Chapter 21}

Como você diz, era improvável que fosse Krennic. Possivelmente alguém em um papel de comando percebeu que o prato estava sendo realinhado e, sabendo do perigo dos planos sendo transmitidos, enviou um TIE para investigar. No entanto, é igualmente possível que o piloto do TIE simplesmente tenha assumido; Sabemos do romance canônico Estrelas Perdidas que oficiais de um certo grau (o oficial citado abaixo é um Comandante) têm autoridade para tomar decisões táticas on-the-fly (ênfase minha):

Ciena took her TIE Interceptor up over the main bridge area of the Annihilator, just in case some rebel pilot decided to fly directly into it and go out in a blaze of glory. The other TIEs stuck rigidly to established attack patterns, but her rank gave her the freedom and responsibility to judge the battle for herself and go wherever she was needed most.

^{Lost Stars Chapter 25}

É inteiramente possível que um oficial de comando tenha lido a leitura de vida de Jyn e tenha ido investigar, abrindo fogo quando ficou claro que ela não deveria estar lá.

A novela júnior do filme indica que um único piloto a viu no mastro e aparentemente assumiu que ela era uma intenção rebelde de alguma forma de sabotagem

Jyn wanted to pump her fist in triumph, but her work wasn’t done. The channel to the rebel fleet might finally be open, but she still needed to get back to the transmitter and push the button to send the plans.

At that moment, a TIE fighter pilot spotted her standing there, vulnerable and alone, and it screamed straight for her, firing its weapons the entire way. She spun about and charged back down the gantry toward the tower’s roof.

She managed to evade the TIE fighter’s strike, but the blasts tore the gantry apart. She felt herself falling and reached out to find something—anything—to keep her from toppling off the tower to the ground far below.

_{^{Rogue One: A Star Wars Story – A Junior Novel}}