Negativos são aplicados ao número de destino, que é a estatística relevante. Portanto, é uma penalidade de base de -3 para verificações de engenharia, o que significa que um personagem com um escore de Inteligência de 16 aplicaria o −3 àquele Int16 para determinar que ele precisa rolar 13 ou menos no d20.
Isso é descrito no topo da terceira coluna na página 55 das impressões originais PHB (texto preto e azul):
If a proficiency check is required, Table 37 lists which ability is used with each proficiency. Add the modifier (either positive or negative) listed in Table 37 to the appropriate ability score. Then the player rolls 1d20. If the roll is equal to or less than the character's adjusted ability score, the character accomplished what he [sic] was trying to do.
A razão pela qual a construção de um incêndio é −1 é porque é a capacidade de fazer fogo sem pederneira e aço - isto é, apenas a partir de madeira e tinder e técnicas manuais de fricção. Dado sílex e aço, não é necessário nenhum NWP para construção de fogo e nenhum teste é necessário (e o tempo é presumivelmente menor que 2d20 minutos, mas o Mestre precisa decidir sobre quanto tempo, se o tempo for importante).
Na última nota, tenha em mente que os NWPs não são um sistema de habilidades geral para usar quando qualquer personagem tenta fazer algo coberto por um NWP - eles não são usados a menos que o personagem tem o NWP envolvido. NWPs permitem que você faça coisas que você normalmente não pode tentar ou realizar sem treinamento e conhecimento específico - como acender um fogo sem ferramentas, lutar efetivamente enquanto cega ou projetar uma catedral. Para testes de habilidade, você está no território de julgamento de DM para pedir e definir modificadores em verificações de habilidade.