Você aplicaria os modificadores de dano e rolagem de ataque da mesma maneira em todas as armas.
Se você possui uma arma que faz vários tipos de dano, você trata a arma como a arma base que é; A espada larga flametônica ainda é uma grande espada. Se você é proficiente em greatswords, você adicionaria seu bônus de proficiência no teste de ataque de espada grande, mas não no teste de dano. Para os testes de dano, você rola todos os dados do dano; 2d6 de redução para a espada maior, mais o dano de fogo de 2d6 que uma arma de Febre de Fogo acrescenta ao ataque.
Você então adicionará o modificador de atributo necessário ao teste de dano, o que significa que qualquer arma que não tenha a finesse ou a propriedade de alcance utilizará seu Modificador de Força, e qualquer arma de longo alcance usará seu Modificador de Destreza.
Isso significa que você adicionará um + X a qualquer ataque que fizer usando o modificador de habilidade chamado. Se eu tivesse 20 Str e usasse a minha Greatsword do Flametongue, eu teria 2d6 de dano, 2d6 de dano de fogo, e então adicionaria +5 ao dano do resultado final por causa do meu Str Modifier.
Damage Rolls (PHB Pg. 196)
You roll the damage die or dice, add any modifiers, and apply the damage to your target. Magic weapons, special abilities, and other factors can grant a bonus to damage. When attacking with a weapon, you add your ability modifier—the same modifier used for the attack roll— to the damage.
Se você está se referindo a + armas mágicas , como uma espada Gaguejante aumentada, então SIM, o bônus ainda pode ser aplicado. Se você encontrar um +3 Greatsword do Flametongue, você adicionaria um plus 3 a todas as jogadas de ataque e dano.