Não consigo encontrar nada sobre por que as cores foram alteradas durante a produção - pode ser que elas não tenham decidido completamente um esquema até que algumas cenas já estivessem coloridas. O custo de fazer a rotoscopia do circuito sobre os atores provavelmente teria proibido voltar atrás e consertá-lo novamente. No entanto, não consigo encontrar uma seqüência de trabalho para confirmar a ordem em que as cenas foram rotoscopadas - embora, eu tenha certeza de que li em algum lugar que a seqüência da bicicleta leve foi uma das primeiras cenas a ser redigida, então torne-se a prova de conceito para o resto do trabalho (além de ser uma sequência bem legal para vender o resto do filme para os produtores).
O Wiki Tron tem mais detalhes sobre as várias colorações (no original e na sequência, bem como 'canonical 'universo expandido), e fornece alguma classificação extra dos programas.
Curiosamente, CLU é amarelo porque ele é um programa de busca, os tankers MCP são verdes ('militares') - o azul provavelmente é um erro / cor precoce.