Transforme-os e queime-os
Isso funcionará exatamente como descrito na sua pergunta. O Polimorfo Verdadeiro é a concentração, de modo que sua concentração se esgotará durante esse evento. Turn Undead não requer concentração, então você pode facilmente Destroy the Undead (que, dada a sua habilidade de conjurar True Polymorph), não deve ser um problema em termos de CR.
True polymorph inclui a cláusula:
If it reverts as a result of dropping to 0 hit points, any excess damage carries over to its normal form.
Você investiu no seu feitiço de 9º nível e teve sorte na falta de testes de resistência para ele pelo Kraken. Normalmente, chegar a 0 HP retornaria o Kraken para formar, mas Destroy Undead não mata ou traz uma criatura para 0HP, ela destrói e ultrapassa o problema 0HP.
XP
Este encontro começou com um Kraken e terminou com a derrota do Kraken. Mesmo que você tenha transformado o Kraken em uma criatura CR mais baixa, você ainda derrotou o Kraken. The True Polymorph Skeleton- > Destroy Undead foi COMO você matou o Kraken. Por causa disso, você deve receber crédito por sua ingenuidade e sorte e obter o XP por um Kraken.
Mas eu podia ver um Mestre dizendo que você matou o Esqueleto, não o Kraken. Quando você transformou o Kraken em True Polymorph, ele não era mais um Kraken e nunca mais se tornou um Kraken. E morreu quando era um esqueleto e ainda nunca voltou.
O DMG diz:
Each monster has an XP value based on its challenge rating.
Embora o estado final fosse um CR diferente, eu não concordaria com isso e basearia o XP no encontro original e não no que um jogador fez para derrotar a criatura. Punir um jogador pelo uso de seu maior espaço de mágica, táticas inteligentes e muita sorte não parece certo.