Neo estava matando dois coelhos com uma cajadada indo para a Cidade das Máquinas. Primeiro, ele precisava conversar com Deus Ex Machina pela paz. Em segundo lugar, ele sabia que por estar diretamente ligado ao mainframe, ele poderia garantir que Smith seria destruído, não importa o quê. Como aconteceu, Smith provou ser imbatível, então Neo permitiu que Smith o absorvesse, o que conectou diretamente Smith ao mainframe, permitindo que Deus Ex Machina deletasse o vírus Smith.
Se Neo tivesse simplesmente sido espancado e morto, Deus Ex Machina teria ordenado que as sentinelas terminassem Sião. No entanto, como Neo garantiu que Smith tivesse acesso a Deus Ex Machina, seu acordo foi cumprido.