RAW
Sim, você está certo.
Embora seja imperativo que você desconsidere seu familiar, nada explicitamente diz que você não pode invocar outro depois, mas eu acho que é um trecho da realidade. Como um Mestre, eu nunca permitiria isso, mas cabe a você e seu Mestre se você quiser ver dessa forma e as conseqüências de fazê-lo.
IMHO
Na verdade não.
Seu animal companheiro torna-se seu companheiro familiar ocupando o "espaço" de um familiar.
Como você pode ver, a habilidade familiar do companheiro é a fusão da habilidade de companheiro animal e habilidade familiar, seu companheiro animal até se torna um animal mágico e parece estar (não realmente seguro) sujeito a magias que visam um familiar. Eu diria que a sua habilidade de invocação familiar basicamente desapareceu neste momento, já que a classe diz que você deve descartá-la e mesclar os dois.In addition, your animal companion (if any) gains many of the abilities that a familiar would normally possess. You add your arcane hierophant class level to your arcane spellcasting class level, and determine the Intelligence bonus and special abilities of your animal companion accordingly.