Sim, este livro é o primeiro de vários romances que se destinam a ser ambientados no Universo Cinematográfico da Marvel. Embora haja evidências bastante strongs dentro do romance em si, foi expressamente confirmado pela Sra. Stohl no Twitter:
Em particular, o romance faz menção ao tempo de Phil Coulson com os Vingadores. O personagem de Coulson foi introduzido pela primeira vez nos filmes Iron Man , e é apenas uma parte do universo cinematográfico da Marvel. (Há um personagem de Phil Coulson que faz parte da Terra-616, baseado no personagem do filme, mas ele nunca foi parte, ou mesmo significativamente afiliado, aos Vingadores, e nunca foi morto por Loki.basically MTU which is how I think of the Marvel TV universe - cinematic but still with Coulson very much around! src
Os outros itens que você mencionou em sua pergunta também apontam strongmente para o plano de fundo Os Vingadores e não para o universo dos quadrinhos.
Note que o romance é tecnicamente uma sequela: Margaret Stohl também escreveu um conto chamado "Viúva Vermelha: Primeiro Golpe" que aparece em Mockingbird: SHIELD 50º Aniversário Vol 1 . (A história principal é ambientada no Earth-616, mas "First Strike" é definido no MCU).