Duas soluções vêm à minha mente
Uma explicação no universo seria, como Obi-Wan usa, que Anakin "morreu" em um sentido metafórico quando ele se tornou Darth Vader: ele não é mais Anakin. Tanto Obi-Wan quanto o Imperador estavam errados, como podemos ver no final do Retorno de Jedi: alguns dos "antigos" Anakin ainda permaneceram nele, levando à sua redenção.
Uma explicação fora do universo seria tão simples quanto não estragar a surpresa no final do filme ...
"I am your Father".