Dois itinerários separados significam que você precisará verificar novamente sua bagagem. Isso significa entrar em Dubai através do controle de passaportes, pegar a bagagem, ir ao balcão de check-in da Emirates e deixá-la lá enquanto recebe seu cartão de embarque para Londres. Você precisará verificar se possui os documentos necessários para entrar em Dubai.
Se você não tiver a documentação apropriada para entrar em Dubai ou se sua escala for extremamente curta, isso não permitirá que você verifique novamente suas malas (entrar no país, verificar novamente a sacola e reinserir a segurança leva algum tempo) , mude seus ingressos agora. Não fique preso na situação quando chegar ao aeroporto. Rwandair provavelmente não permitirá que você embarque no avião se não tiver os documentos necessários para entrar em Dubai.
Se você é capaz de verificar novamente as malas, mas está apenas perguntando porque "é muito trabalho", eu sugiro que você apenas atenda e verifique novamente as malas. Eu faço isso o tempo todo e não é muito problema.