Eu diria que a Armadura de Agathys ainda teria efeito - sua descrição diz que se uma criatura acertar você com uma arma corpo-a-corpo, não danificará você. Há uma variedade de efeitos que poderiam mitigar o dano que não impediria que ele fosse um sucesso em primeiro lugar.
Isso também faz sentido no mundo do jogo; o feitiço está adiando o frio que magoa as pessoas de você e do seu equipamento; a habilidade pesada de mestre de armadura é permitir que você não ataque ataques que atingiram sua armadura, então não há uma boa razão simulacionista para que o frio não afete o atacante.