Se este fosse o meu projeto, eu cortaria o encaixe nivelado com o chão e descobriria exatamente o quão perto do flange se encaixa normalmente. O interior do cotovelo deve ser do mesmo tamanho que o interior do tubo. Se possível, faria pequenos ajustes no flange, lixando ou moendo, e depois colando-o usando primer e adesivo de PVC.
Eu, então, asseguraria a ancoragem segura do flange ao concreto para minimizar o estresse na junta pelos parafusos de montagem do vaso sanitário.
Esta solução provavelmente não atenderá aos códigos aplicáveis, e provavelmente gerará alguns votos negativos de defensores que acham que há apenas uma maneira correta de fazer as coisas, mas se isso for bem feito, não criará problemas. Se tanto material precisar ser removido do flange para deixar uma má conexão ou fraqueza estrutural, ou se a curvatura do cotovelo impedir um bom ajuste, você precisará remover o concreto e começar de novo.