Esse problema precisa ser encarado de um ponto de vista mágico e não-mágico. Vamos olhar para o mais fácil primeiro.
Para investigações não-mágicas, os escores de habilidade de ambos GUMSHOE e Ars Magica são comparáveis (embora os últimos tendem a ser maiores). Você poderia simplesmente dizer que todas as habilidades são investigativas. Assim, se um PC tiver uma habilidade relevante, as pistas centrais são gratuitas e outras pistas & benefícios estão disponíveis como gastos de seus pools. Há muitas habilidades de Lore e Ken que serão úteis, assim como certas habilidades sociais que se assemelham às de Interpersonal da GUMSHOE. Você pode até limitar essa mecânica a essas habilidades.
Como acontece com qualquer mistério, um GM tem que decidir quais informações são necessárias para avançar uma história (ao contrário de informações que são meramente interessantes ou complementares), e como dar aos PCs esta informação. As informações da primeira categoria são fornecidas como pistas centrais para um PC com uma habilidade que logicamente descobriria essas informações.
Isso deixa você com o problema que atormentou os GMs desde a invenção do gênero. A chave está em garantir que os elementos mundanos da investigação gerem pistas suficientes e que você tenha formas criativas de diminuir o efeito do Intellego. Obviamente, magos e criaturas mágicas terão alguma resistência - e descobrir por que alguém tem defesas mágicas pode ser um mistério em si mesmo. Da mesma forma, pode ser difícil lançar um feitiço diante de uma multidão mundana, ou em um local com uma aura hostil.
Em seguida, considere como as informações podem parecer na cabeça de uma possível testemunha: eles viram o autor? Ela estava disfarçada? O crime pareceu inocente? Foram tomadas medidas para combater o potencial efeito da investigação mágica? A magia foi usada para alterar a memória do crime?
Ainda mais longe, considere uma configuração em que informações geralmente desconhecidas são fornecidas no início e os PCs precisam preencher os outros detalhes. Talvez o assassino seja conhecido por uma maga, mas em uma posição de poder que a impede de agir ou de outras pessoas acreditarem nela. Ou talvez o assassino seja um grogue que não tenha memória de quem ele matou, e o corpo não pode ser encontrado.