O vírus estava apenas inativo ou suprimido no planeta, não no navio. O Doutor não tinha o seu emissor móvel (ainda não o recebia) e não podia trabalhar no planeta (nem nenhum outro membro da tripulação, dado o risco de exposição à doença). Janeway não podia trabalhar no navio, pois estava implícito que ela começaria a sofrer os sintomas muito rapidamente se deixasse o planeta.
Janeway é uma cientista e pesquisadora capaz, mas ela não é especializada em áreas médicas. Enquanto eu tenho certeza que ela poderia ter sido útil (e poderia ter conseguido descobrir uma cura com Chakotay, dado tempo suficiente no planeta) para ajudar o Doutor, sua assistência não teria sido insubstituível. A maioria do que o doutor poderia ter precisado de um assistente, Kes foi capaz de fazer. Há também uma questão sobre o que ela poderia realmente ter feito na superfície do planeta, uma vez que eles teriam que montar uma estação de pesquisa e trabalhar separados uns dos outros.
Lembre-se que a configuração real do equipamento levou um tempo significativo quando Janeway e Chakotay fizeram isso mais tarde naquele episódio.
Agora, considere os riscos de ter Janeway acordada no planeta - ela poderia ter sido exposta a mais doenças, ela poderia estar em risco de grandes predadores, ela precisaria receber suprimentos, e há sempre o risco de que a doença poderia ter piorado ao ponto de começar a sofrer seus efeitos enquanto estava no planeta.
Dado o risco de recompensar a taxa, é perfeitamente compreensível que ela e Chakotay tenham sido mantidos em estase até que a chance de uma cura rápida tenha diminuído.