Ninguém no programa discutiu os materiais de que as janelas são feitas, por isso não sabemos ao certo.
No entanto, dado que no episódio "Adrift" ( S4, E1 ), a cidade colapsou o escudo e expôs as janelas, assim como a maior parte do resto da cidade, ao vácuo. do espaço, sabemos que deve ser um material que possa suportar um ambiente de pressão zero. Portanto, não pode ser um vidro padrão, que não teria resistido à pressão e temperatura do espaço.
Existe a possibilidade de que um dos livros do Stargate Atlantis: Legacy série menciona, eu não os li, mas acho que é bastante improvável.
Com toda a probabilidade, supomos apenas supor que é algum material especial feito pelos antigos que se comporta exatamente como o vidro, permitindo que a luz e o calor passem por ele, mas também pode suportar o vácuo / frio do espaço sem quebrar .
EDIT: No episódio "First Strike" ( S3, E20 ), as janelas na sala de controle, e presumivelmente outras áreas também, são destruídas quando o Asuran Satellite Laser atinge a cidade. Em "Reunião" (S4, E3), o episódio seguindo diretamente a cidade pousando em um novo planeta, as janelas são repentinamente fixas mas, como em todas as outras áreas da cidade que estão subitamente em funcionamento, ninguém menciona quando ou como isso ocorreu.