Os quadrinhos não são canônicos.
Não que Doctor Who tenha algo que possamos chamar de canon, mas os quadrinhos não são nem mesmo os melhores canonistas. Como o programa geralmente não se preocupa em fazer sentido dentro de si mesmo, não devemos esperar consistência entre o programa e seus outros produtos fora da tela.
Dito isto, o programa tem uma relação muito incomum com o "mundo real".
Na verdade, uma história do sétimo médico em 1963 tinha um aparelho de televisão anunciando o primeiro episódio da série Doctor Who (foi cortado rapidamente o suficiente para ser acenado à mão como outra coisa, mas a intenção era clara). Então faça disso o que você vai fazer.
No entanto, as chances de os dois programas de TV terem um evento de crossover real são mínimas.
Eventos de crossover entre programas de TV são raros e quase sempre reservados para programas que são de propriedade, produzidos e distribuídos pelas mesmas empresas. A bagunça legal por si só não valeria a pena, porque ambos os programas visam à distribuição e isso significa que os episódios de crossover teriam que atender a todos os requisitos legais para os atores, escritores, produtores, etc., de ambos os programas e ambas as empresas de distribuição.
Existem crossovers de histórias em quadrinhos para nos dar uma chance de experimentar o que os shows não podem fazer.