A resposta da MCU
As pedras do infinito se formaram naturalmente, a partir das "singularidades" que estavam presentes no começo do universo. Da transcrição dos Guardiões da Galáxia :
The Collector: Oh, my new friends. Before creation itself, there were six singularities. [he uses a device to unlock and open the orb] Then the universe exploded into existence, and the remnants of these systems were forged into concentrated ingots. Infinity Stones. These stones, it seems, can only be brandished by beings of extraordinary strength. Observe. [he shows them the giant beings that use the Infinity Stones as weapons] These carriers can use the stone to mow down entire civilizations like wheat in a field.
Como tal, as pedras do infinito existiram basicamente antes do universo, e como tal não tiveram criadores. Por outro lado, é possível que "forjado" seja entendido mais literalmente e as pedras como são agora tenham criadores. Como indicado na resposta de Aogiri, as entidades cósmicas Morte, Infinito, Entropia e Eternidade são provavelmente aquelas que colocam as singularidades em sua forma moderna.
Os quadrinhos respondem
As gemas do infinito (não as pedras) são os restos de Nemesis, uma entidade cósmica extremamente poderosa.
Quando Nemesis ficou solitário, ele cometeu suicídio. Ao fazê-lo, deu origem ao universo. 1 As Gemas Infinitas são o que resta do poder essencialmente ilimitado dessa entidade. Nos quadrinhos, há outra jóia, Ego, que contém o núcleo da consciência de Nemesis. Se alguma vez estiver unido aos outros seis, Nêmesis seria renascido. 2 . Então, pode-se pensar em Nemesis como o criador ou proprietário original das Infinity Gems.
1: Note que esta origem é, sem dúvida, inconsistente com meia dúzia de outras histórias de origem do multiverso da Marvel.
2: Isso obviamente aconteceu.