Primeiro de tudo, há algum equívoco que parece. Existe apenas uma matriz única que conhecemos no cinema (e também em quase todos os outros universos).
Em segundo lugar, embora a matriz se dissolvesse para trazer o primo de volta à vida ... reapareceu em Transformers 3, onde estava dentro de seu peito.
Agora, como ele é um primo com / sem a matriz é um pouco mais complicado. Como mudou consideravelmente durante os anos como isso é tratado. No início foi quem segurou a matriz foi "Prime". Hoje em dia é que você é um dos primeiros primos, ou (como mencionado em Revenge of the Fallen) você tem um primo como ancestral.
Embora eu tenha que admitir a última coisa que eu nunca entendi como isso é possível, como ...... Transformadores são criados não exatamente nascidos. Talvez o novo filme vai lançar alguma luz sobre isso (Transformers 5), mas eu não tenho muita esperança, já que foi mencionado apenas em Transformers 2 e nunca mais (com os ancestrais).
(Assim, mesmo que Optimus não tivesse a matriz ... no universo, ele ainda era primo. O mesmo se aplica ao Sentinel PRIME).