O limite de pontos de feitiços sempre se aplica.
O cenário proposto na pergunta não funciona; você nunca tem um ponto "extra" para gastar.
A regra para pontos de feitiçaria é direta:
You can never have more sorcery points than shown on the table for your level.
Se você for um feiticeiro de terceiro nível e tiver zero pontos de feitiço, ao usar uma ação de bônus para converter uma mágica de 4º nível em pontos de feitiço, você tem três pontos de feitiço. 'Nunca' significa nunca ; a regra não diz "no final do seu turno" ou algo assim; simplesmente diz "nunca". Portanto, você não pode "flutuar" o ponto extra para usar simultaneamente a metamagia; para fazer isso, você precisaria ter esse ponto de feitiçaria, e pela regra citada acima, você não pode ter esse ponto junto com outros três pontos