Porque ela permitiu que fosse. Quando Cora tentou arrancar o coração de Emma, foi um ataque, ela estava tentando ferir Emma no decorrer de uma batalha entre eles. Quando Regina e Hades fizeram isso mais recentemente, isso fazia parte do plano. Todo o motivo de Emma para ir ao submundo, em primeiro lugar, era dividir seu coração em dois e dar metade a Hook, como sua mãe fizera por seu pai anteriormente. Ela queria que seu coração fosse retirado e dividido. Mais tarde, já lhe haviam dito que seu coração precisaria ser ponderado ou julgado para que Hook chegasse ao Ambrosia, então novamente ela queria que ele fosse retirado. Enquanto Hades fez isso de repente e sem aviso, ainda era o que Emma queria.
Qualquer mágica que Emma tenha produzido para impedir o sucesso da tentativa de Cora pode ser vista como uma resposta instintiva a um ataque, ao invés de algo que Emma fez conscientemente (na época, Emma nem sabia que ela tinha magia). Mas quando Hades & Regina fez isso, foi com a aprovação dela (pelo menos tácita). Uma analogia pode ser instintivamente tirando sua mão do queimador de um fogão, permitindo que suas mãos frias sejam aquecidas ao lado de uma fogueira. Uma é uma reação instintiva ao perigo, a outra é uma ação bem-vinda, mesmo que ambas resultem no mesmo evento.