Desde que você descreve um capitão e FO, eu vou assumir que você está perguntando sobre uma aeronave maior, como um avião comercial ou um jato executivo.
Parte da certificação desses tipos de aeronaves exige que eles tenham um terceiro altímetro (de reserva) além dos dois altímetros principais.
Quando há uma discrepância, o procedimento típico (lembre-se de que um piloto deve sempre seguir a lista de verificação do fabricante nestas situações) é cruzar os três altímetros e encontrar os dois que concordam para que o ruim seja então excluídos.