Para adicionar à resposta de Joe L., o site Movie-Censorship.com tem uma lista detalhada de todas as diferenças entre as duas versões .
Note que o CGI para algumas cenas foi alterado, o "matiz" geral do filme passou de azulado / esverdeado para laranja, parte do áudio foi mudado, algumas dublagens (como a do Mestre de Marionetes) foram refeitas por um ator diferente e algumas cenas menores foram cortadas.
Na minha opinião, a versão remasterizada 2.0 é muito inferior ao original. Sim, o CGI no original era desajeitado, mas todo o resto era superior, inclusive usando animações 2D para as cenas de ação de Kusanagi. E sério, como alguém pode pensar que o helicóptero CGI é superior ao original, lindamente pintado helicóptero 2D está além de mim :(
Dê uma olhada. O chopper original, em belo 2D:
e a horrível versão do CGI: