Todos os personagens das máquinas que vemos no filme estão apenas fazendo o trabalho para o qual foram programados, sem questioná-lo. Mesmo personagens como The Oracle, que atuam como uma espécie de contra-agente do Matrix, são realmente projetados para serem assim; ela é o programa construído para representar a idéia do livre arbítrio, contra o arquiteto, que representa a predestinação.
Logicamente, os programas no nível da máquina só sabem o que precisam saber para executar suas tarefas rotineiras. É altamente improvável que os Agentes tenham alguma ideia de que a própria Matriz já sabe onde fica Zion. Em vez disso, eles estão seguindo sua programação, que é rastrear e eliminar os humanos livres, e parte desse trabalho significa descobrir onde eles estão escondidos fora da matriz.
Isso realmente apenas levanta a questão, no entanto; o que realmente precisamos responder é: por que eles foram programados dessa maneira? Para descobrir isso, você precisa entender algo que não foi bem explicado nos filmes, mas está mais claramente exposto no material suplementar: essa foi a terceira tentativa Matrix. Os dois primeiros falharam porque os seres humanos não são inerentemente seres totalmente lógicos - seus cérebros não apenas "aceitam a realidade" como lhes é apresentado, eles têm que escolher sua realidade. Esse conceito de dar aos cérebros plugados a liberdade de agir como o desejo é a razão pela qual a terceira iteração Matrix sobreviveu.
No entanto, essa liberdade leva a uma série de problemas, sendo o principal deles que certas mentes escolhem não aceitar a realidade da Matriz. O Arquiteto explica que, por qualquer motivo, a necessidade de livre arbítrio no Matrix significa que eles também têm que dar aos humanos a liberdade de escapar, ou as "falhas" provocadas por sua rejeição acabarão por colapsar o sistema. Mas obviamente eles não podem simplesmente deixar todo mundo sair, ou eventualmente eles não deixam ninguém. Então, eles configuram o sistema que vemos no terceiro filme: de vez em quando, a matriz cospe O Um, como um interruptor de reset, e as máquinas matam todos os outros e todo o ciclo começa de novo. Um grande problema com isto é que conseguir que o ciclo termine com sucesso significa, de alguma forma, fazer com que todos os humanos envolvidos façam as escolhas corretas, incluindo o The One. De fato, o discurso do Arquiteto implica que tudo o que aconteceu no primeiro filme, incluindo Neo resgatando Morpheus dos Agentes, era parte do plano, para avançar para um reset do ciclo. Tudo o que vemos os agentes humanos fazerem nos filmes era algo que a Matrix queria que fosse feita, por isso precisa tomar todas as precauções para garantir que esses humanos permaneçam no caminho certo.Exigir que os humanos se comportem exatamente como Matrix quer significa estabelecer um cenário onde essas ações são as decisões naturais para os humanos. As coisas precisam acontecer de tal maneira que o One não descubra o que está acontecendo até que seja tarde demais para fazer algo a respeito. Parte dessa fachada inclui programar programas de nível inferior, como Agentes, que acreditam que estão caçando humanos, então os humanos têm um inimigo legítimo para lutar contra eles.