Sem entrar em detalhes massivos, é porque ele está sendo arrastado por (ou, possivelmente, surfando) as marés da história. Uma história que tinha um lote mais direcionado ao seu curso atual do que apenas ele e suas ações. Ele não era apenas o ponto culminante do programa de melhoramento genético da Bene Gesserit, mas o homem que estava no ponto focal de muitas interações socioculturais. (Muito do que você viu aqui, como o plantio da Missionaria Protectiva da profecia de um messias .. Mas há muito mais que ainda não foi explicado.)
Devido à sua presciência, ele tem alguma habilidade de ver onde as mudanças podem direcionar o fluxo da história de alguma forma. Mas a história em si é como uma enorme onda de maré; o melhor que ele pode esperar é canalizá-lo para um caminho desejado; parar simplesmente não é possível - tem muita inércia nesse ponto da história. Ele não está escolhendo como ele quer que o universo seja, mas, sim, dirigindo-o como um navio quase fora de controle correndo antes de uma tempestade imensa; ele escolhe a melhor das opções que ele pode ver, com sua visão limitada. (Em um ponto ele descreve a visão do tempo como tendo colinas e vales; dependendo de onde ele está em um determinado ponto, até onde ele pode ver se é muito limitado.)
Desde que você pergunta por que ele não apenas manda que parem ... Isso aparece no começo do livro:
“Chani, beloved,” he whispered, “do you know what I’d spend to end the Jihad—to separate myself from the damnable godhead the Qizarate forces onto me?”
She trembled, “You have but to command it,” she said.
“Oh, no. Even if I died now, my name would still lead them. When I think of the Atreides name tied to this religious butchery …”
“But you’re the Emperor! You’ve—”
“I’m a figurehead. When godhead’s given, that’s the one thing the so-called god no longer controls.” A bitter laugh shook him. He sensed the future looking back at him out of dynasties not even dreamed. He felt his being cast out, crying, unchained from the rings of fate—only his name continued. “I was chosen,” he said. “Perhaps at birth … certainly before I had much say in it. I was chosen.
Continue lendo, tho; ele (e outros personagens) gastam muito tempo especulando sobre esse mesmo problema, aqui, e através do resto dos livros.