Nunca houve detalhes suficientes fornecidos nos episódios que foram ao ar até à data - existem algumas sugestões e algumas piadas ao longo do caminho (como derrubar uma parede e usar uma rampa) - mas esta não é realmente tem uma resposta atualmente.
O barco "Diane" tem uma resposta sobre o que aconteceu com ele;
In the episode "Kill Ari" (3x02) Jen goes home with Gibbs so he can change clothes after being out in the rain storm, and sees the boat Diane. She asks if this was the same boat he was building 6 years ago to which Gibbs answers no.
When Jen asks what happened to the other one, Gibbs tells her that he burned the boat.
No entanto, se o barco foi queimado dentro de casa ou não (é improvável, considerando que queimar um barco em um porão provavelmente queimaria a casa) nunca é coberto no show.