A habilidade de Hiro é a manipulação de tempo e espaço, não apenas viajar no tempo (e / ou teletransporte).
No caso que você mencionou, ele estava retrocedendo o tempo e rebobinando-se junto com ele.
Então sim, ele estava se substituindo, mas ele reteve as memórias das outras vezes que ele fez isso.
Ele basicamente pode fazer o que quiser com o tempo (o que, na minha opinião, é um conceito muito usado na série)