O transponder geralmente usa sua própria leitura de pressão, não o que é definido no altímetro do piloto. Então, para evitar fraudes como você descreve, ele é inspecionado e calibrado a cada 24 meses. A adulteração seria difícil de fazer em tempo real, porque você teria que ajustá-lo com base nas condições atmosféricas atuais e em qual altitude você quer voar. Mas sim, você poderia, em teoria, ajustar suas leituras para transmitir algo diferente.
Tanto quanto eu saiba, apenas grandes violações são realmente perseguidas, ou se o ATC sabe quem você é quando você comete a violação.