Eu não tenho o texto comigo agora, mas um dos livros Enderverse menciona isso.
De qualquer forma, a Primeira Invasão não teve uma rainha porque, como você observou, ela não precisa estar perto de seus insetos. Foi uma frota exploratória que descobriu a Terra e, embora tenha sido eliminada no processo, notou que a Terra era um planeta muito legal e se trouxessem mais alguns bugs, seria uma bela colônia.
Assim, a Segunda Invasão aparece, e esta é uma frota de colônias (com naves apropriadas projetadas para matar todos os humanos). Agora, os patifes nunca haviam conhecido a vida inteligente antes, então eles assumiram que (1) não importava realmente que eles estivessem matando humanos individuais, porque a "rainha" não estava morrendo e (2) além disso, por causa disso, os humanos obedeceriam às mesmas regras de combate que os insetos (isto é, não matariam rainhas).
Citação da Mazer em apoio de (2):
I know. That part I don't understand. Not that they didn't try to stop me - they were firing at me. But it's as if they really couldn't believe, until it was too late, that I would actually kill the queen. Maybe in their world, queens are never killed, only captured, only checkmated. I did something they didn't think an enemy would ever do.
Então, de acordo com Mazer, os insetos estavam com a impressão de que não estavam em perigo dos humanos de qualquer maneira. No sentido de que eles não achavam que era possível que uma rainha fosse deliberadamente morta.
Portanto, não fazia sentido para eles que a rainha esperasse até que toda a humanidade fosse completamente destruída antes de aparecer quando ela pudesse vir com o resto da frota.