Olá @stir_choc e bem-vindo ao Conselho Temperado! Você realmente nos deu uma pergunta difícil! Eu tenho que admitir que eu nunca tinha ouvido falar disso. No entanto, depois de muita escavação, parece que há, de fato, uma muito explicação científica para o motivo por trás disso.
Quando comecei a pesquisar isso, tive muitos resultados para receitas que davam instruções para mexer em apenas uma direção. Alguns afirmaram que era importante ou que o prato seria arruinado se não fosse feito corretamente, mas nenhum disse o porquê.
Graças a uma pergunta semelhante no site da SE Physics, consegui obter mais informações. Como @Jefromi e @Aaronut observaram, a temperatura é o fator mais importante. Mas há outros fatores envolvidos, não apenas para chocolate, mas para outras misturas.
Simplificando, mexendo suavemente em uma direção, você está criando um fluxo laminar em oposição a um fluxo turbulento. Isso ajuda a evitar a incorporação de bolhas de ar e a redução da temperatura. Além disso, a agitação em uma direção permite que as moléculas de proteína se formem em cadeias. Se você se mexer em uma direção e depois inverter a direção, eles se formarão em bolas.
O fluxo e o cisalhamento são importantes porque afetam aspectos como textura, viscosidade, paladar, etc. Com chocolate, provavelmente mais do que outros alimentos, você gostaria que o fluxo fosse o mais laminar possível.
Este link tem uma tonelada de informações em física na produção de alimentos e é focada principalmente em chocolate. E felizmente está escrito basicamente em termos leigos. (Há uma riqueza de informações e estudos disponíveis, mas a maioria é publicada por físicos e fora do meu alcance.)
Este link explica um pouco sobre como a agitação em uma direção afeta apenas as moléculas de proteína ao fazer bolinhos. (E o que isso significa para o produto acabado.)
Então, enquanto eu estava cético sobre toda a idéia, parece que poderia haver mérito nela. Dito isso, acho que seria muito mais crítico na produção comercial do que em uma cozinha doméstica. Como eu li em muitos posts, a maioria das pessoas obtém bons resultados sem incorporar isso. Eu posso apenas ter que tentar e ver se consigo distinguir qualquer diferença! :)
Espero que isso ajude! :)