Sua suposição está correta; A 'escolha' referida é a escolha entre canalizar energia positiva ou negativa. A citação completa diz:
A neutral cleric of a neutral deity (or one who is not devoted to a particular deity) must choose whether she channels positive or negative energy. Once this choice is made, it cannot be reversed.
Essa declaração é auto-contida. Não se refere a nenhuma outra parte da habilidade de classe.