Acredito que esta é a versão da Matrix de "Agora é seguro remover seu dispositivo do computador".
Sabemos que a Matriz é um programa que está intimamente entrelaçado com a mente e o cérebro de alguma maneira, daí as lesões e a morte pela desconexão. Parece que ele precisa liberar os recursos com segurança antes que um programa possa ser descarregado (a auto-imagem residual é em si um programa que é executado dentro da Matriz, mas controlado pelo seu proprietário)
Quanto à localização das saídas: O Matrix parece ser um sistema de software em que tudo tem uma manifestação física dentro dele. Não há nenhum programa não corpóreo funcionando dentro dele até onde eu sei. Os agentes não são programas de pesquisa em todo o sistema, mas programas humaniformes. O traçador é uma pílula. Um bug é um dispositivo parecido com um inseto que se enterra no seu abdômen, etc.
Então, quando eles carregam qualquer programa no Matrix, como uma sub-rotina de saída, acho que eles precisam carregá-lo para um local físico com uma forma física. Daí a cabine telefônica.