A Assembléia Matéria / Antimatéria é a "chave".
Minha resposta é baseada no Enterprise D e é originária do Star Trek: O Manual Técnico da Próxima Geração de Michael Okuda e Rick Sterbach (os dois principais designers de produção em TNG ). Eu presumo que essa resposta vale para a maioria das naves espaciais projetadas pela Starfleet TNG , incluindo o Enterprise E e possivelmente o Enterprise C (duas décadas antes de D).
De acordo com o Manual (Seção 5.2 sobre a Montagem de Matéria / Antimatéria), a sequência de partida do motor é o que "liga" o navio em geral.
As the entire engine system undergoes start-up, the energetic plasma generated...
... é distribuído pelo navio através dos PTCs (condutores de transferência de energia). A energia é acessada por vários sistemas on-board usando os relés EPS (sistema eletro-plasma), que possuem três tipos de tomadas de energia, dependendo do sistema ou dispositivo que irá extrair energia do relé. (Eu tive que parafrasear um par de páginas no valor de technobabble.)
Fundamentalmente, a inicialização do motor através da montagem de matéria / antimatéria é controlada via Engenharia. (Ele pode ser modulado a partir da Bridge, mas se os relés EPS e os distribuidores de distribuição de energia não tiverem energia para distribuir, os sistemas Bridge ficarão off-line e uma "partida a frio" diretamente da Engineering será necessária.)
Quanto à forma como o navio é ligado ("botão, fob, alavanca ..."), presumivelmente é necessário abrir fisicamente a câmara de mistura de matéria / antimatéria e permitir que a matéria e a antimatéria se misturem (supondo que estamos tentando "partida a frio" em que todos os consoles estão inoperantes). Isso não está descrito no Manual, mas parece razoável para mim.
Nota: vemos a Enterprise D completamente "desligada" no episódio " Starship Mine " para uma varredura de baryons, mas não mostramos explicitamente a sequência de reinicialização.