Why can't Deus Ex Machina eliminate obsolete and defective programs?
Porque os programas devem retornar à Fonte a ser excluída e podem optar por não retornar à Origem. Os agentes tentarão deter programas sinalizados para exclusão, mas se não conseguirem fazê-lo, o programa poderá sobreviver. Este sistema é explicado pelo Oracle:
The Oracle: ...Every time you’ve heard someone say they saw a ghost, or an angel, every story you’ve ever heard about vampires, werewolves, or aliens is the system assimilating some program that’s doing something they’re not supposed to be doing.
Neo: Programs hacking programs. Why?
The Oracle: They have their reasons, but usually a program chooses exile when it faces deletion.
Neo: And why would a program be deleted?
The Oracle: Maybe it breaks down. Maybe a better program is created to replace it – happens all the time, and when it does, a program can either choose to hide here, or return to The Source.
Neo: The machine mainframe?
The Oracle: Yes...
The Matrix Reloaded (transcript)
Por que os programas precisam retornar à Fonte para serem excluídos? Uma razão é que qualquer humano em vista de um programa visível quando é apagado verá algo muito estranho que quebra a ilusão da Matriz (presumivelmente o programa desapareceria de repente). Provavelmente, também há uma limitação técnica: os programas no Matrix estão "em execução" exatamente como seu navegador está sendo executado enquanto você lê isso - e você não pode excluir um programa que está sendo executado atualmente (você precisa fechá-lo primeiro). Portanto, os programas precisam parar de executar (retornar à Fonte) antes de serem excluídos.
O fato de os programas terem uma escolha na questão também pode refletir o fato de que os humanos recebem uma escolha (quase inconsciente) de aceitar a Matrix sob o modelo baseado na escolha da Oracle:
The Architect: [The Oracle] stumbled upon a solution whereby nearly 99% of all test subjects accepted the program, as long as they were given a choice, even if they were only aware of the choice at a near unconscious level.
The Matrix Reloaded (transcript)
How did the Twins, the Merovingian, and the Smiths escape "his" control?
O Merovingian é um traficante de informações então ele é adepto de fugir dos Agents (porque ele sabe onde os agentes estão operando e pode evitar esses lugares). É também assim que ele ajuda todos os seus minions exilados a escaparem dos Agentes e evitar a exclusão. Além disso, muitos programas de exílio têm habilidades especiais que tornam difícil para os Agentes apreendê-los: os gêmeos podem se tornar como fantasmas, Smith pode fazer cópias de si mesmo (mesmo quando um agente está possuindo o corpo em que Smith se copia).