Nesta situação, ao fazer o check-in do seu voo, você pode mostrar à companhia aérea ambos os passaportes ... passaporte nº 1 para que eles saibam que você pode inserir o país de destino e o passaporte nº 2 para que eles possam entrar o país de destino.
A companhia aérea pode não se importar se você pode entrar no país de parada porque eles podem apenas assumir que você vai ficar no aeroporto. Nesse caso, pode ser suficiente mostrar o passaporte # 2 para a companhia aérea, e a companhia aérea realmente não precisa saber que você deixou o aeroporto usando o passaporte nº1.
Lembre-se de que a companhia aérea só se importa com o fato de não lhe levarem a um local em que você não possa entrar, porque isso o obrigaria a voar de volta às custas deles.