Eles geralmente parecem consertar essas coisas com linhas desenfreadamente preguiçosas, mas, nesse caso, elas pareciam realmente responder com uma linha muito inteligente!
Em "The Time of the Doctor", perto do começo, o telefone externo começa a tocar, e como ele vai responder, ele diz para Handles,
"Oh, no. And remind me, I've got to patch the telephone back through the console unit. This is getting ridiculous."
Para mim, isso diz que, em seu estado original, e todo o caminho até o ponto do nono e décimo médicos, o telefone era apenas parte do disfarce. E então, em algum momento, ou o médico decidiu que poderia ser útil para torná-lo funcional, ou a TARDIS meio que fez isso em si.