Seu visto belga D permite que você viaje em outros Estados Schengen como se tivesse um visto C. Você pode gastar não mais do que 90 dias a cada 180 dias em estados de Schengen que não a Bélgica (contagem parcial de dias).
Eu não sei sobre o ano acadêmico na Grécia, mas fazer um semestre com apenas 90 dias de presença na universidade parece impraticável, especialmente se você não puder viajar para casa nos fins de semana.