Porque não o matou. (Lembre-se que, embora ele tenha sido baleado por um raio de extermínio de Dalek, estava obviamente com um poder severamente reduzido. Por um lado, ele ainda era capaz de falar depois.)
O Doutor regenera depois ele sofreu uma lesão fatal e morreu. Lesões mortais que no final não matam o médico não desencadeiam uma regeneração.
Por que é plausível que alguém tenha ficado chocado ao ver o aparente cadáver do Doutor, lembre-se que (1) dos três que viram o cadáver, nem Amy nem Rory jamais viram uma regeneração, e o próprio médico estava ciente disso. que ele estava em sua última regeneração e (2) nem o doutor nem River acreditavam que a alegação "ele foi morto".