Não, isso não é um problema. Quando você sair, entregará o formulário que está grampeado no seu passaporte e será eliminado. Quando você voltar, você receberá um novo período de 90 dias (na minha experiência).
É possível que o inspetor de imigração perceba que você esteve no Japão muito recentemente. Ela / ele pode perguntar sobre isso. Claro que você deve ser honesto. No entanto, desde que você pretende sair antes de seu período original de 90 dias, você não pode ser acusado de tentar estender seu período com uma corrida de visto. Você pode ter uma cópia do seu itinerário para mostrar isso.
Informalmente, eu não acho que o Japão esteja preocupado com os ocidentais que vêm visitar e fazer entradas freqüentes, desde que não quebrem as regras. Eu sempre achei a equipe de imigração muito educada, cortês e amigável.