Voamos da Copa Air da SFO > PTY > ASU em setembro, com uma parada de oito horas em PTY. Nossa bagagem foi verificada, e queríamos sair do aeroporto para fazer um tour local durante a escala. Nós passamos por Imigração e Alfândega para deixar o airside, e então passou por eles novamente (e segurança, também) ao chegar atrás a PTY para o vôo partindo. O processo foi totalmente sem drama em ambas as direções - estas são longas paradas, e eu suspeito que as autoridades estão acostumadas com esse comportamento.
OTOH, se você estiver indo apenas para ficar ao lado do ar durante a parada, você não precisará passar pela Imigração e Alfândega.
E note que a minha resposta não aborda se um viajante em particular precisa de visto para entrar no Panamá. Eu sou um cidadão dos EUA e não o fiz. YMMV.