O filme Origens veio depois do X-men 1. A direção de arte mudou desde então, o que explica a diferença.
Uma explicação na história é que Logan não se lembra como isso aconteceu. Se ele se lembrar, é uma reconstrução visual de uma experiência traumática. Simplificando, é como ele se lembra disso! Toda a bala de Adamantium na cabeça faz disso uma ótima lembrança. Os escritores / diretores de arte sabiam que isso poderia explicar a diferença significativa, e assim eles fizeram a cena parecer bonita e realista.
Ambos os estilos se encaixam melhor no filme, então acho que tudo deu certo para o melhor. E ficamos com a pergunta, suas memórias vão se recuperar completamente?