Não. Você não precisa criar novas vias aéreas. Você fica com os waypoints já existentes ou não, se a rota voa através de um segmento de espaço aéreo de rota livre.
Além disso, o departamento de engenharia da companhia aérea estuda a rota, por exemplo: calcula o MSA (altitude mínima de segurança) para cada ponto, simulações de falha de motor e despressurização são feitas para evitar possíveis perigos em pontos críticos, se a aeronave A ETOPS certifica que eles decidirão quais aeroportos alternativos estão disponíveis para a rota, cálculos de combustível, geração de gráficos para chegada e partida (a maioria das companhias aéreas usa seus próprios gráficos, em vez daqueles fornecidos pela ANSP), et cetera.
Cada companhia aérea tem sua própria política e o processo pode variar, mas fundamentalmente o procedimento feito é fazer um estudo de todos os parâmetros que podem afetar a segurança e a eficiência.