OK, bem, esta é apenas uma teoria que circulou pela Comic Vine há algum tempo, mas nunca foi verdadeiramente confirmada.
Basicamente, uma vez que você coloca um nome em uma cidade como Gotham e chama de Chicago ou Nova York, você está estabelecendo limites para isso. Chamando Gotham Chicago, você pode não ser capaz de fazer parecer uma cidade tão ruim ou o povo de Chicago pode ficar bravo ou algo assim. Além disso, poderia limitar a geografia da cidade. Por exemplo, se a DC precisa de Gotham para ficar perto de uma cidade e outra hora precisa estar perto de uma cidade diferente, seria difícil escolher qual City Metropolis ou Star City teria que ser para atender a uma necessidade. Como se você dissesse que Metropolis é Kansas City e você quer escrever uma história de super-homem que tenha montanhas dentro dela ou em uma Forrest ou algo assim, seria mais difícil fazer isso. Também no verso Dc Arrow existe a cidade de Hong Kong e em uma versão um superman eu me lembro de Moscou existia.
Então eu pensei um pouco mais e notei que no universo DC a maioria das cidades tem um herói "protetor" como Batman em Gotham, Arrow em Star City, Superman em Metropolis, Flash em Central City, Lanterna Verde em Coast City, etc. Qualquer cidade real não tem um super-herói individual. As únicas vezes em que vemos essas cidades reais são, de vez em quando, onde um vilão está atacando ou o herói está em algum tipo de "missão especial". Mas não será mencionado em regular.
Marvel, por outro lado, não tem um único herói para cada cidade (como é do meu conhecimento atual). Thor tem Asgard, mas é de onde ele é, ele protege toda a terra e até mesmo o universo em alguns quadrinhos. Homem de ferro, Capitão América não tem uma cidade específica que proteja também. E por causa disso não havia necessidade de ir embora e de criar uma cidade que pudesse ser usada duas ou três vezes. Então, para responder à sua pergunta, provavelmente foi uma decisão consciente, desde o início, usar nomes fictícios.