Infelizmente, não existe mundo real ou lógica interna que explique isso. Enquanto cada continuidade lida de maneira diferente, todos eles têm o mesmo resultado; qualquer dano que tenha sido feito para apagar as memórias de Wolverine é permanente e não pode ser desfeito facilmente.
Earth-199999, o MCU, é o mais simples, pois mostra quando, onde e como Logan perdeu suas memórias. Uma bala de adamantium atravessou o crânio mexendo em seus cérebros. Suas memórias implícitas (comportamento, linguagem, habilidades) estão intactas, mas memórias explícitas são perdidas. Exceto que eles não são. O professor X é capaz de encontrar e tenta desbloquear essas memórias. E Logan lembra algumas memórias de antes (WW2 prisioneiro de guerra durante Little Boy). Então as memórias são reprimidas ou inacessíveis através de meios normais.
O Earth-616 é tão complicado que é difícil de acompanhar. Décadas de história em quadrinhos podem fazer isso. Wolverine regenera de ser achatada por um rolo compressor e completa aniquilação nuclear sem perda de memória. Outras pessoas com os mesmos poderes também não sofrem perda de memória. Deadpool para um, regularmente sopra seu próprio cérebro ou outro dano craniano, e é bom para ir. Sua perda de memória decorre do crescimento constante do câncer e do poder de cura que o conserta. Em 616, Wolverine passa por condicionamento de memória e reprogramação no projeto Weapon X. Brainwashed para se tornar um assassino, e é aí que ele perde a maioria de suas memórias. Falsas memórias implantadas através de cenas e atores falsos. Aplicações muito técnicas e práticas. Eu li que havia também telepatas ou médiuns envolvidos. As memórias estão lá, apenas enterradas.
No final, a razão pela qual o Wolverine no filme não pode regenerar suas memórias é porque os filmes mantêm alguns inquilinos básicos do personagem cômico. Comic Wolverine não tem lembranças, então nem o Movie Wolverine. Qualquer razão dada tem que levar isso em conta. Na vida real, danos físicos às células de memória desconectam completamente essas memórias com 0% de chance de recuperação através da ciência moderna. Algum trauma físico provoca perda de memória, enquanto trauma mental pode causar a repressão de memórias como um instinto de sobrevivência (choque), duas causas diferentes com o mesmo resultado. Amnésia significa simplesmente perda de memória, afinal.