Geralmente esse tipo de controle é tênue e, uma vez que o líder tenha caído, a lealdade dos seguidores é substituída pelo instinto de sobrevivência. Uma vez que foi desfigurado como um Sith, seu apoio desapareceria (imagine que é revelado que o PM / Presidente de seu país foi mostrado para ser um psico-assassino ... quanto tempo ele manteria o "controle" de seu partido? Alguns de seus apoiadores ficariam chocados por terem sido usados, e mesmo aqueles que sabiam de sua identidade secreta fingiriam surpresa para não serem os próximos.Senate and most of government bodies were in the control of Palpatine...
Além disso, apesar de ser um Sith não era um crime por si só, sendo o chefe de estado de uma república em guerra com uma rebelião publicamente apoiada por um Sith (Dooku) certamente teria sido suficiente para fazer muito de um caso. Uma vez que os laços de Palpatine com a rebelião fossem estabelecidos, a questão teria sido resolvida.
Dito isto, no filme não parece que exista um plano que não seja "acabamos de descobrir que nosso inimigo está às nossas costas, por isso devemos reagir rapidamente antes de sermos invadidos".